В 1985 году, поступил в Минский государственный институт иностранных языков. Со второго курса был призван в Вооруженные Силы. Служил в морской пехоте Северного флота. По рекомендации командования поступил в Военный институт Министерства обороны на факультет иностранных языков. Закончил его в 1992 году с красным дипломом. Полковник запаса.

В 1993 году создал и до 1999 года возглавлял группу компаний «Дело» — один из крупнейших холдингов на рынке транспортных услуг. Дважды избирался в Совет директоров Новороссийского морского торгового порта.

В 1999 году был избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания РФ III созыва. Занимал должность заместителя председателя Комитета Государственной Думы по международным делам.

В 2003 году с отличием окончил российскую Академию Государственной службы при Президенте РФ по специальности — государственное и муниципальное управление, специализация — финансы, налоги и кредит. Кандидат юридических наук.

В 2003 году избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания РФ IV созыва от Туапсинского избирательного округа № 46. Работал заместителем председателя Комитета Государственной Думы по энергетике, транспорту и связи.

С декабря 2006 года является куратором проекта Партии «ЕДИНАЯ РОССИЯ» «Транспорт объединяет Россию».

2 декабря 2007 года избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания РФ V созыва. Член фракции «ЕДИНАЯ РОССИЯ». Председатель Комитета Государственной Думы по транспорту.

С октября 2008 года назначен руководителем делегации Федерального Собрания Российской Федерации в Парламентской ассамблее Черноморского экономического сотрудничества.

С января 2009 года является руководителем рабочей группы по транспорту, транспортному машиностроению и логистике в рамках Комиссии Президиума Генерального совета Партии «ЕДИНАЯ РОССИЯ» по вопросам промышленности и предпринимательства.

С апреля 2009 года является руководителем проекта Партии «ЕДИНАЯ РОССИЯ» «Инфраструктура России»

В целях содействия реализации национального проекта и инициатив Президента РФ в сфере образования в марте 2006 года С. Н. Шишкарёв выступил учредителем Фонда подготовки кадрового резерва «Государственный Клуб». Является председателем Попечительского совета Фонда.

По инициативе С. Н. Шишкарёва под эгидой партии «ЕДИНАЯ РОССИЯ» был создан Фонд международных гуманитарных проектов имени Г. И. Лангсдорфа, одним из проектов которого является «Школа Бразильского Футбола».

С. Н. Шишкарёв награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, удостоен Национальной премии им. Петра Великого и других наград.

Русская Православная Церковь высоко оценила вклад С. Н. Шишкарёва в дело строительства и возрождения храмов. Он награжден орденами святого благоверного князя Даниила Московского III степени, преподобного Сергия Радонежского III степени.

Женат. Воспитывает двух дочерей и троих сыновей.